Das hängt nicht direkt zusammen.
Es hört sich so an, als hättest Du mit dem letzten Update den Versionssprung von Android 6 auf Android 7 gemacht (wenn Du vorher Version 18.04.1 oder älter drauf hattest, ist genau das der Fall).
Mit Android 7 auf dem FP2 gibt es einen Bug (https://bugtracker.fairphone.com/project/fairphone-android-7/issue/56), deshalb ist Pokemon Go aktuell nicht mehr kompatibel (und so viel ich weiß auch Instagram nicht mehr).
Siehe auch 🇩🇪 Keine Pokemon auf Nougat - Downgrade auf Marshmallow
Das mit der Meldung “unable to find partition for path: system” ist zwar auch mit Android 7 gekommen, ist aber unabhängig von der Pokemon Go Inkompatibilität.
So wie ich das verstanden habe “ist das so” und kein Problem, siehe Update via Updater app no longer seems to work